El simbolismo de la calavera es instintivo para el ser humano. La mente humana, especialmente preparada para reconocer caras, capaz de ver expresiones en puntos y rayas o sencillos signos de puntuación (como los famosos smileys), sabe instintivamente que la "cara" que nos mira en la calavera fue una vez un rostro humano. Las cuencas de los ojos de la calavera, de mayor tamaño que unos ojos vivos, llaman nuestra atención aunque intentemos evitarlo. Un calavera a pesar de obviamente de carecer de vida, y no ser en realidad más que un objeto inanimado, ejerce sobre nosotros una fascinación mucho mayor que cualquier otro hueso del esqueleto humano, un magnetismo que puede tanto atraernos como resultarnos repulsivo.
Con una sola mirada a una calavera podemos ver a la muerte observándonos fijamente, mirándonos cara a cara desde la profundidad de las cuencas vacías. No es extraño que la calavera humana sea un símbolo prácticamente universal de la muerte. En muchas culturas se considera un recordatorio de nuestra propia mortalidad, un concepto representado por la frase latina "mememto mori", un "recuerdo de mortalidad".
En el arte y la cultura Cristiano, la calavera se ha empleado como símbolo de la eternidad, del arrepentimiento, de la vanidad humana, y como un recordatorio de que el camino de la salvación es recto y estrecho. Aparece en varias pinturas religiosas de la edad media, la calavera de "Adán" colocada a los pies de Cristo crucificado simboliza la redención. Una calavera con una serpiente reptando a través de las cuencas de las cuencas de los ojos fue antiguo símbolo del conocimiento y la inmortalidad. Muchas obras maestras del renacimiento muestran calaveras en lugares destacados, y la mayoría de los retratos de Santos, Cardenales, Papas, y algunos personajes de la realeza incorporan la calavera como recordatorio de la importancia de llevar una vida de virtud.
Históricamente, la calavera fue un símbolo popular de la victoria sobre los enemigos, y una advertencia para los derrotados en el campo de batalla. Muchas veces a lo largo de la historia los vencedores mostraron colecciones de calaveras en lugares públicos como una obvia declaración de victoria y un macabro recordatorio para los vencidos de las consecuencias de la derrota. También llegó a ser un trofeo de batalla, coleccionado por reyes conquistadores.
Hace siglos, las cabezas se amontonaban en montones en la "Puerta del traidor" de Londres, donde se dejaba que se pudriesen, una clara advertencia de las consecuencias de contravenir a los poderes reinantes. El "totenkof" (una calavera con 2 tibias cruzadas) fue la insignia de la "SS" Nazi durante la segunda guerra mundial, un símbolo que inspiraba el terror. El mismo símbolo tatuado en el brazo de un motorista fuera de la ley, desafía a la muerte, y simboliza su deseo de "engañarla" mientras le sea posible (o sea vivir al máximo hasta que la muerte le encuentre).
La calavera puede ser también divertida. El folclore popular está lleno de historias de "calaveras parlantes", que intentan transmitir un mensaje a los vivos, recordarnos nuestra propia mortalidad, o advertirnos de nuestros malos comportamientos. En México se pueden encontrar calaveras ataviadas con coloridos sombreros y plumas, también aparecen el arte Mexicano. En la festividad de "todos los santos" (conocida popularmente como "el día de los muertos"), se pueden degustar calaveras hechas de azúcar y chocolate.
En el budismo y el hinduismo, podemos encontrar a la calavera presente en el arte religioso. El señor Budista de la muerte, Yama, tiene cinco calaveras alrededor de su cabeza, que simbolizan la victoria sobre el odio, la avaricia, el orgullo, la envidia y la ignorancia. Kali, la diosa Hindú de la muerte lleva un collar de calaveras alrededor de su cuello.
Hoy en día la calavera sigue siendo tan popular como siempre lo ha sido. Continúa conjugando diferentes implicaciones, tantos significados como tantos artistas que la emplean guiados por su imaginación en películas, juegos, literatura, comics, y por supuesto, tatuajes. Algunos diseños son divertidos, otros pueden ser macabros y terroríficos, pero en ellos la muerte siempre forma parte de la composición.